足利尊氏占据京都后，立即采取了一系列措施来巩固自己的统治。他派遣细川和氏兄弟东下，收拾北条氏灭亡后的混乱局面，同时控制镰仓。这一举措不仅有效地稳定了关东地区的局势，还进一步增强了足利尊氏的权威。然而，足利尊氏的举兵也导致了庶长子竹若的牺牲。竹若得知父亲的举兵后，与叔父密严院别当觉遍、加子基氏之子等人秘密上洛，但在途中的骏河国被幕府使者发现，遭到杀害。

五、建武新政

光严天皇在镰仓幕府灭亡时被废。元弘三年（1333年）六月五日，后醍醐天皇归还京都，标志着建武新政的开始。足利尊氏在同日被允许内升殿并担任镇守府将军，十二日叙任从四位下左兵卫督，其弟足利直义也成为左马头。八月五日，足利尊氏升叙从三位兼武藏守，并得到天皇下赐偏讳，将“高”字改为“尊”字。当时，作为对打倒幕府有功的将士的赏赐，足利尊氏与足利直义分别得到了三十所、十五所的所领、所职。建武元年（1334年）正月初五日，足利尊氏叙正三位。九月十四日，拜为参议。

后醍醐天皇在建武新政之初，恢复了记录所审议重要政务，设立了恩赏方和杂诉决断所，分别处理赏赐问题和所领诉讼。这些机关的职员，除了在杂诉决断所半数左右为武士之外，大部分是公家。在记录所和恩赏方的武士只有楠木正成、名和长年等少数几人。尽管足利尊氏被赐予极高的官位，但他并没有处于政治中枢。相当于统辖武士和警备皇宫的武士所头人的地位被给予了新田义贞的一族。足利氏方面，仅有被官高师直、上杉宪房担任杂诉决断所的职员。

新政府在地方并设国司与守护，由对打倒幕府有功绩的公家和武士担任。足利尊氏成为武藏的国司守护兼上总的守护。北畠显家与足利尊氏被任命为武藏守的同日成为陆奥守，十月奉义良亲王（后村上天皇）陆奥下向，相当于奥羽两国的行政，负责牵制足利尊氏在关东的势力，与足利尊氏方对抗。十一月，足利直义也受到相模守的任命，十二月，奉成义亲王下向镰仓，成功将关东十国置于管辖之下，于是足利氏在关东的地位越发巩固。

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后醍醐天皇在推行建武新政时出现诸多失误。在赏赐方面，他未能满足武士们的期望，导致武士对新政越来越失望。希望复兴武家政治的武士越来越多，而足利尊氏成为了这些武士的希望寄托所在。在这种形势下，公家与武家之间产生了激烈的对抗。足利尊氏与对足利尊氏抱有警戒心的护良亲王的对立表面化。护良亲王策划袭击足利尊氏，但因足利尊氏用强大的兵力守卫自身，护良亲王的计划未能成功。

建武元年（1334年）十月，足利尊氏对后醍醐天皇施加强大压力，迫使后醍醐天皇向足利尊氏屈服，下令捉拿护良亲王。

六、反叛朝廷

建武二年（1335年）七月，北条高时的遗子北条时行在关东举兵，对建武新政不满的近国武士们迅速聚集，形成了极大的势力。北条时行带领大军迫近镰仓，足利直义迎击，但战败，之后他杀死了幽闭中的护良亲王，并奉成良亲王西走。足利尊氏接报后，向朝廷请求让自己东下讨伐北条时行，并要求担任征夷大将军，管领东国，但未得到敕许。结果，成良亲王被任命为征夷大将军，足利尊氏仅被任命为征东将军。足利尊氏在没有得到朝廷准许的情况下，于八月二日离京，在三河国与足利直义的势力合流，击破各地叛军，陆续前进，十九日收复镰仓。此即中先代之乱。

八月三十日，后醍醐天皇遥授足利尊氏从二位。十月，后醍醐天皇派藏人头中院具光赴镰仓，催促足利尊氏返京。足利尊氏有意回京，但被足利直义阻止，于是他拒绝奉诏，并在源赖朝旧址开置府治，自署征夷将军东国管领，对诸将进行赏赐，笼络人心，甚至连北条氏的党羽也争相归附他。足利尊氏欲借后醍醐天皇之手除掉新田义贞，乃夺新田氏在东国的地邑，全部分配给部下。足利直义也秘密移书四方，招集兵士，而京都公卿也“屡奏尊氏反状”，后醍醐天皇只是派僧人惠镇到镰仓借宣旨之名打探情况而已。惠镇尚未成行，足利尊氏请讨新田义贞的上书就在十一月十八日传至京都，将新田义贞比作赵高，自比章邯，导致京都震动。后醍醐天皇这才确认足利尊氏要反，遂派尊良亲王、新田义贞等领兵讨伐足利尊氏，并在十一月二十六日正式削夺足利尊氏官爵。

足利直义与诸将戎装见足利尊氏，请求他出兵迎战官军。足利尊氏不愿蒙受反叛之名，默然良久后，对足利直义等人说：“我以源氏之宗，承久已来，为北条氏所抑制，今日乃获位二品。职忝阃寄，虽以微功，亦帝恩矣，义不可背。今者被谴，正以戕亲王与招兵故也，而二者皆非我所为。陈情控诉，冀其弭疑；或不见听，便当薙发遁世以自明无罪耳。卿等善为身图，我不敢弯弓向王师矣。”还没说完，就“作色而起”，令足利直义等“相顾错愕”。他遁入建长寺，欲剃发为僧，在左右的劝阻下没有马上剃发。其后，足利直义与诸将私下决定迎战官军，结果在十二月五日兵败手越河原，新田义贞率军追至伊豆。在此千钧一发的时刻，足利直义与上杉重能等伪造数十道纶旨，要求追捕足利尊氏兄弟，“以正朝宪”。足利直义将这些纶旨带到建长寺，出示给足利尊氏，并怂恿道：“是手越之战所获。上意如此，公纵遁于桑门，恐不得免，愿思门户之计。”足利尊氏便奋然而起，说：“死生与汝俱！”马上脱下僧服，穿上锦直垂，领兵出战。十二月十一日，足利尊氏在竹下、足利直义在箱根山击败官军，翌日战于佐野山，大友贞载、盐冶高贞倒戈投奔足利尊氏，官军溃败。十三日，又败官军于伊豆。足利尊氏遂率军长驱西进。

建武三年（1336年，延元元年）正月，足利尊氏至近江国，攻陷伊岐洲城，在山崎击破胁屋义助所率官军。正月十一日，攻入京都。其后一个月，足利尊氏欲进攻后醍醐天皇所在的延历寺，与胁屋义助、楠木正成等反复拉锯，战局不利。赤松则村劝足利尊氏到九州募兵，再取京都。于是足利尊氏于二月十二日率兵渡海赴九州，二十日抵达大宰府之赤间关，期间十分狼狈，士兵两千人溺死海中，接着又分遣诸将守备在本州的根据地，所以只有五百人与他相随，受到当地豪族少贰赖尚的迎接。三月初二日，足利尊氏在多多良滨击败菊池武敏所率数万官军，在九州站稳脚跟。后醍醐天皇又派新田义贞西征足利尊氏，足利尊氏也决意东进，为师出有名，他请来持明院上皇（光严天皇）的院宣，从而造成“两帝争国”的局面。四月初三日，足利尊氏让一色范氏等留在九州，率领少二、大友等九州势力离开博多。途中与中国、四国势力会合，兵分两路，足利尊氏从海路率七千艘水师、足利直义取陆路率二十万大军向东进发。四月二十五日，在兵库和田岬击败新田义贞军，在凑川之战全歼楠木正成的军队。后醍醐天皇在二十七日逃往比叡山。二十九日，足利直义的军队进入京都。足利尊氏也在六月十四日奉光严天皇及其皇弟丰仁亲王进京。八月十五日，丰仁亲王在没有神器的情况下即位，是为光明天皇。之后两军持续交战，由于名和长年等人的战死，后醍醐天皇方面败相毕露。后醍醐天皇命令新田义贞奉恒良、尊良两亲王前往北陆，自己则于十月十日按照足利尊氏之前的邀请返京，十一月二日，授予光明天皇神器。建武新政在仅仅两年半后就宣告结束。

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七、室町开府

建武三年（1336年）十一月七日，足利尊氏公布了《建武式目》的十七条，向天下宣布幕府的复兴，并展示了今后施政的基本方针。这一文件不仅明确了幕府的政策方向，也为室町幕府的建立奠定了法律基础。从建武三年（1336年）到建武四年（1337年），幕府的组织结构逐渐确立。足利尊氏在这段时间内被拜为权大纳言，历应元年（1338年）八月十一日，他正式就任征夷大将军，位阶进入正二位，室町幕府正式成立。

在此期间，后醍醐天皇于建武三年（1336年）十二月二十一日秘密逃出京都，潜行至大和吉野，开设朝廷（史称南朝），与足利尊氏拥立的京都朝廷（史称北朝）对抗，日本的南北朝时代正式开始。后醍醐天皇呼吁全国讨灭足利氏，派遣皇子、诸将在各地努力扶植收复京都的势力。作为应对，足利尊氏任命一族为守护，配置于各国，特别是在关东、九州等前代以来的有力豪族拥有守护职的地方，设置了关东管领、九州探题，以对抗南朝势力，形成了对日本的全面控制布局。

两军的战斗在各地展开。北陆方面，新田义贞进入金崎城，与本据地上野、越后联络开始活动。重视事态的足利尊氏让越前守护斯波高经、若狭守护斯波家兼兄弟负责对付新田义贞，并派执事高师直之弟高师泰作为后援。高师泰等在建武四年（1337年）三月攻陷金崎城，尊良亲王自杀，恒良亲王被捕。斯波军在此后与新田军激战。历应元年（1338年）闰七月的藤岛之战，新田义贞败死，这对南朝方是一个极大的打击。

奥州方面，北畠显家受到足利军的猛攻，不得不放弃多贺国府。建武四年（1337年）正月，他转移到伊达郡的灵山，由于后醍醐天皇的命令再度踏上西上之途。同年八月，带领十万精锐出发。十二月，导致在镰仓辅佐足利义诠的斯波家长败死。历应元年（1338年）一月，北畠显家到达美浓。于是足利尊氏派遣高师冬防御显家军，高师冬的军势在同国青野原大败。北畠显家军自此南进伊势，经伊贺向奈良进发，准备进攻京都。对此，足利方的高师直率大军南下，二月在般若坡击破北畠显家军，连战之末的五月，北畠显家在和泉石津败死。