北畠显家、新田义贞的相继阵亡，对南朝方来说是极大的打击。后醍醐天皇为了挽回颓势，采用再次派遣皇子到各地的策略。同年九月，怀良亲王作为征西大将军下向西国，义良、宗良两亲王与北畠亲房及其次子北畠显信等下向东国。伊势出航的义良亲王一行，在途中遭遇暴风雨，义良亲王（后村上天皇）被吹回伊ise，宗良亲王漂至远江国，只有北畠亲房成功到达目的地常陆。进入常陆的北畠亲房为争取南朝的据点而奋斗，不久由于关东执事高师冬的东下逐渐受到压迫。康永二年（1343年）十一月，北畠亲房含恨返回吉野。自此之后，后醍醐天皇在历应二年（1339年）得病，八月十六日在吉野去世，义良亲王即位，即后村上天皇。
足利尊氏接到后醍醐天皇驾崩的消息后，十分感慨，立刻停止幕府的杂务七天，以表示哀悼之意。同年冬天，为了吊唁天皇的菩提，他在洛西之地创建了天龙寺。历应四年（1341年）七月，天龙寺竣工时，足利尊氏与足利直义一起出席，亲自负责着土。
八、观应扰乱
观应扰乱是室町幕府早期的一次重大内乱，发生在足利尊氏与足利直义兄弟之间。这场内乱不仅影响了幕府的稳定，还导致了南北朝之间的进一步对抗。
后醍醐天皇去世后，南朝逐渐丧失了势力。贞和四年（1348年）正月，楠木正行在河内的四条畷败死，后村上天皇逃往奥地的贺名生，南朝完全成为徒有其名的存在。此时，足利方内部出现了足利尊氏与足利直义兄弟的不和，引发了内部纠纷，即观应之扰乱。
在日本历史学家佐藤进一的描述中，室町幕府初期实行了一种“两头政治”：足利尊氏掌握主从制的支配权，而足利直义则拥有实际的统治权。这种权力分配虽然在一定程度上保持了幕府的稳定，但也埋下了内部纷争的隐患。
贞和五年（正平四年，1349年），以高师直为首的反直义派与直义发生了强烈冲突。高师直一派袭击了足利直义，直义逃往尊氏的邸宅中避难。然而，高师直包围了尊氏的邸宅，要求直义隐退。最终，足利直义被迫出家退隐。在这次事件中，足利尊氏最初持中立态度，但最终也扮演了积极的角色。
足利尊氏让自己的嫡子足利义诠从镰仓回到京都，代替直义之位，行使政务；次子足利基氏则代替义诠之位，封为镰仓公方，在东国设置镰仓府。直义退隐后，其犹子足利直冬（也是尊氏的庶子）在九州扩大了直义一派的势力。
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观应元年（正平五年，1350年），足利尊氏出兵中国地方，讨伐直冬。足利直义趁机逃出京都并向南朝投降，桃井直常、畠山国清等直义派武将也纷纷追随。直义势力强大，义诠战败，逃出京都。从京都回军的足利尊氏在打出滨之战中大败。为了平息内乱，足利尊氏以胁迫高师直、高师泰兄弟出家并流放外地为条件，与足利直义达成和解。
次年，足利尊氏与足利直义达成和议。足利尊氏让上杉能宪押解高师直一族流放外地，但由于杀父之仇的缘故，能宪在途中私自处决了高师直一族。足利直义回到了幕府，管理政务，由足利义诠担任其副手。
尊氏和义诠以讨伐谋反的佐佐木道誉、赤松则佑为由亲自出兵近江、播磨，实际上是就讨伐直义、直冬的问题同南朝方面进行讲和。得知此事的直义经北陆道逃往镰仓。同年十月，足利尊氏同南朝讲和，废除了北朝朝廷，向南朝投降，史称正平一统。同时，尊氏率军讨伐直义，进入东海道，在骏河萨捶山（今静冈县静冈市清水区）、相模早川尻（今神奈川县小田原市）等战役中击破直义，逮捕了足利直义并将他关押在镰仓。观应三年（正平七年，1352年）二月，足利直义突然死去。
就在足利尊氏离开京都的时候，南朝方面撕毁了和约，进攻室町幕府。宗良亲王、新田义兴、新田义宗、北条时行等支持南朝的军队袭击了尊氏，尊氏退往武藏国，但很快就反击并压制了关东的南朝势力，回到京都。此后，足利直冬进攻京都，最终被击败，逃往九州。文和三年（正平九年，1354年），直冬曾一度夺下京都，但次年就被尊氏收复。
延文三年（正平十三年，1358年）四月三十日，足利尊氏背上长了肿瘤，在京都二条万里小路第逝世，享年54岁。遗骸被埋葬在洛北衣笠山的等持院。法号为等持院殿仁山妙义。关东方面则称为长寿寺殿，由尊氏创立的镰仓长寿寺是他的菩提所。相当于百筒日的同年八月十一日，足利庄的鑁阿寺大御堂为了祈冥福而进行曼荼罗供。
九、两朝一统
足利尊氏死后，室町幕府的主人变为其子足利义诠。延文三年（1358年）十二月十八日，足利义诠正式就任征夷大将军。足利义诠死后，其子足利义满继承了征夷大将军之位。由于义满年幼，细川赖之作为摄政，首先必须确保将军的地位绝对化，以稳定幕府的统治。
作为开始，细川赖之就任管领不久，首先颁布了五条禁制，纠正幕府内的纲纪，以强化中央集权。同时，他利用义满的元服仪式、判始、诸社参拜等重要活动，提高将军的权威，举行了极为威严盛大的仪式，以增强将军在武士和民众中的威望。
在对南朝的战略上，细川赖之采取了分化瓦解的策略。应安二年（1369年）二月，他成功引诱了被南朝孤立的和平论者楠木正仪，使其归顺幕府。楠木正仪的归顺不仅削弱了南朝的力量，还为幕府赢得了更多的支持。
经过多年的努力，室町幕府逐渐削弱了南朝的势力。明德三年（1392年）闰十月，南朝的后龟山天皇终于还幸京都，向北朝的后小松天皇进行让国仪式，授予神器，实现了两朝的合一。